دبیرخانه اجرایی تعالی مدیریت تعاونی در خانه تعاونگران ایران تشكیل شده است. خانه تعاونگران به عنوان مجری طرح، دبیرخانه اجرایی تعالی مدیریت تعاونی را تشكیل داده است و مدیریت آن را بر عهده دارد.
دبیر اجرایی دوره اول: دکتر علی حسین شهریور
دبیر اجرایی دوره دوم: دکتر علی حسین شهریور
دبیر اجرایی دوره سوم: دکتر حمدالله رستمی شهر بابکی
دبیر اجرایی دوره چهارم: خانم مهرانگیز میکائیلی
دبیر اجرایی دوره پنجم: دکتر حامد فرید نصر